Ekonomi- och budgetavdelningen ger Cedefops personal stöd vid planering, genomförande och övervakning av budgetanslagen. Avdelningen sköter den interna och externa rapporteringen av ekonomiska och budgetrelaterade frågor. Den sköter också den centraliserade finansiella kontrollen av alla transaktioner som genomförs i den årliga budgeten, som under de senaste åren legat kring 18 miljoner euro, och som nästan uteslutande finansieras med Europeiska unionens medel.